Image J进行细胞计数批量化操作 |
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用ImageJ的来为图片上的粒子(Particles)计数,这里的粒子可以是细胞、克隆、孢子、菌落、病斑等。这次我计数的是克隆形成的结果。 一、 单张图片处理的流程通过FileOpen打开需要计数的图片,然后调整图片为8位的灰度图:Image –> Type –> 8-bit。 通过Image –> Adujust –> Brightness/Contrast稍微给图片增加些对比度,这里不手动调了,点Auto即可。 然后,通过Image –> Adujust –>Threshold调整阈值,这里我设置的是0-155。 由于边界及培养皿外部的干扰,我们用圆形工具将需要计数的区域圈出来。 接下来,计数.通过Analyse –> Analyze Particales进入分析粒子窗口,设置“粒子“为50-1000,Show中选择Outlines,以外轮廓的形式显示“粒子”并为粒子编号;勾选Summarize,点击OK,即完成计数过程。结果如下: 以上是单个图片的处理过程,通常我们需要处理十几张或几十张的图片,这个时候批量的操作将会给我们带来非常大的便利。 二、 批量操作 通过宏记录器 plugins –> Macros –>Record,将上面的处理过程记录下来。得到类似以下的结果:将其保存为宏文件。 通过Process –> Batch –> Macro,打开保存的宏文件, input为需要计数的图片所在的文件夹,output可以保存计数的图片,如下:最后,可以从summary的窗口里面的到每一张图的计数结果了。大功告成!以上内容为个人整理,参考教程: ImageJ实用技巧——宏记录器(解放双手篇)https://zhuanlan.zhihu.com/p/55655493 如何用ImageJ进行细胞计数?https://www.sohu.com/a/198558299_278730 Image J下载地址:https://downloads.imagej.net/fiji/latest/fiji-win64.zip |
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